Tôn giáo Công giáo và các nghi lễ của nó đã đóng một phần quan trọng trong cuộc sống của Philip, đặc biệt là vào cuối triều đại của ông. Chán nản vì các sự kiện trên khắp lãnh địa của mình, anh ngày càng quan tâm đến các vấn đề tôn giáo. Cụ thể, Philip đã dành sự tôn sùng đặc biệt cho một bức tranh của Nuestra Señora del Milagro, Trinh nữ của phép lạ; bức tranh được cho là kỳ diệu nâng và hạ mắt xuống để đáp lại lời cầu nguyện. Trong khi kết hôn với Elisabeth, Philip đã đặt con cái của họ dưới sự bảo vệ của hình ảnh này; kết hôn với Mariana, họ cùng nhau thực hiện các nghi lễ tôn giáo đặc biệt dưới cái nhìn của bức tranh. Philip cũng có một tiêu chuẩn lớn được thực hiện với hình ảnh của bức tranh ở một bên và áo choàng hoàng gia ở bên kia, được đưa ra trong đám rước mỗi năm vào ngày 12 tháng 7. Cùng với việc đánh dấu một niềm tin tôn giáo cá nhân mạnh mẽ, mối liên kết ngày càng rõ ràng này giữa vương miện, Giáo hội và các biểu tượng quốc gia như Đức Trinh Nữ, đã đại diện cho một trụ cột chính hỗ trợ cho Philip làm vua.

Các quốc vương trong thời kỳ này cũng có một vai trò quan trọng trong quá trình phong thánh và có thể sử dụng điều này cho hiệu quả chính trị trong nước hoặc quốc tế. Philip, chẳng hạn, muốn tiếp cận với các đối tượng người Bồ Đào Nha, đặt tầm ảnh hưởng đáng kể của anh ta đằng sau vụ án cho Isabella của Bồ Đào Nha, một hình mẫu của thế kỷ 14 của một "người vợ hoàn hảo", cuối cùng phải trả giá cho một lễ kỷ niệm xa hoa Lisbon sau khi được phong thánh năm 1625. Trên bình diện quốc tế, điều quan trọng đối với uy tín của Tây Ban Nha là cô phải nhận được ít nhất một tỷ lệ, và lý tưởng hơn là chia sẻ các vị thánh mới so với các vương quốc Công giáo khác, và Philip đã tài trợ cho một loạt các văn bản và sách ủng hộ các ứng cử viên Tây Ban Nha, đặc biệt trong cạnh tranh với Công giáo Pháp.

Trong trường hợp khẩn cấp 1640-1643, Philip dường như đã gặp khủng hoảng về đức tin. Philip thực sự tin rằng thành công hay thất bại trong các chính sách của mình thể hiện sự ưu ái và phán xét của Chúa đối với hành động của anh ta. Sự kết hợp của các cuộc nổi dậy, những tiến bộ của Pháp và sự mất mát của Olivares yêu thích đáng tin cậy của anh ta dường như đã làm anh ta rung động sâu sắc. Nữ hoàng Isabella và chủ tịch mới của Hội đồng Castile, Don Juan Chumacero - cả hai đều tham gia vào việc loại bỏ Olivares - khuyến khích nhà vua mời các nhà huyền môn và nhìn xa trông rộng từ khắp châu Âu tới triều đình của ông tại Zaragoza. Lời khuyên chính của các nhà huyền môn tập trung vào tầm quan trọng của việc nhà vua từ chối người thay thế Olivares, de Haro và các quý tộc ủng hộ Olivares còn lại tại triều đình. Các nhà huyền môn khác nhau không chấp nhận được đối với quan điểm cao quý của Tây Ban Nha và với sự khuyến khích của de Haro, cuối cùng họ đã bị loại bỏ.[16]

Thay vào đó, Philip chuyển sang một nhà huyền môn nữ được thành lập tốt hơn, Sơ María de Ágreda, một nữ tu được biết đến với các tác phẩm tôn giáo của mình.[16] Anh ta yêu cầu cô tương ứng với anh ta và khuyên anh ta về các vấn đề tâm linh. Hai người trở thành phóng viên thường xuyên trong suốt phần còn lại của cuộc đời họ. Điều này được ghi nhận trong hơn 600 lá thư bí mật giữa chúng trong khoảng thời gian hai mươi hai năm. Philip rõ ràng tin rằng Maria có thể thay mặt Chúa thay mặt và đưa ra lời khuyên về những gì Chúa muốn ông làm, để cải thiện vận may thất bại của Tây Ban Nha.[16] Hầu hết đều tin rằng Philip có liên quan đến việc bảo vệ Maria khỏi cuộc điều tra của Toà án dị giáo năm 1650.[17] Con trai của Philip, là Charles II, đã bảo vệ các tác phẩm của cô khỏi sự kiểm duyệt sau này.